У черепних утворений хрящем (міноги, хрящеві риби) і (або) кісткою (решта представників підтипу Черепні). Поділяється на ендокраніум або, представлений ембріональним хрящовим черепом і його похідними в кістяку дорослих тварин, і дерматокраніум, представлений накладними кістками шкірного походження. Зміни черепа у ході еволюції обумовлені прогресивним розвитком головного мозку й органів чуттів, заміною зябрового дихання легеневим і зміною способів харчування при виході з водного середовища на сушу. Ендокраніум складається з мозкового черепа, який розвивається як переднє продовження осьового кістяка тулуба, що розростається навколо головного мозку, органів нюху і слуху, і лицевого (вісцерального черепа) — кістяка переднього відділу глотки. У дерматокраніумі розрізняють кістки даху (склепіння) і основи черепа, піднебінно-квадратного комплексу, нижньої щелепи, зябрової кришки і зябрової перетинки риб і нечисленних накладних окостенінь під'язичної і зябрової дуг. Порожнина черепу з'єднується великим потиличним отвором з хребетним каналом.